From 0f62b99d743de14c1dfad740294038a4b7295b0c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: kkkim Date: Wed, 26 Aug 2026 14:50:45 +0900 Subject: [PATCH 1/2] =?UTF-8?q?BIOP02-101=20#comment=20Discussion=20?= =?UTF-8?q?=EB=AC=B8=EB=8B=A86=20=EB=AA=A8=EB=8D=B8=20=EB=B9=84=EC=9D=98?= =?UTF-8?q?=EC=A1=B4=EC=84=B1=20FILL=20=EC=9E=91=EC=84=B1=20=E2=80=94=203?= =?UTF-8?q?=20FM=20=EC=BB=A4=EB=B0=8B=20=EC=88=98=EC=B9=98=20=ED=9D=A1?= =?UTF-8?q?=EC=88=98?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit 다중 FM(UNI/UNI2-h/Virchow2) 재학습 결과를 Discussion 골격 문단6에 반영. - 확증 모델 비의존: HPV 20-seed 3/3 PASS(0.959/0.956/0.920), 폐 histology 양성대조 0.939/0.961/0.947, 위 MSI-H 0.860/0.867/0.880. - 정직한 음성도 비의존: Lauren 3/3 FAIL(0.536/0.603/0.640), ERBB2-amp 3/3 무신호(0.644/0.585/0.668) — 철회 인용이 모델 무관 재현. - 경계축 소폭 불일치는 M8 n_null=5 불안정과 정합(INCONCLUSIVE 유지 강화). 수치 근거 = crosscancer/*/full/*_{uni2h,virchow2}.json + 20260820_shuffle_null_20seed/. Yale FILL(문단4)은 critic_status pending이라 미착수(게이트). --- manuscript/sections/04_discussion.md | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/manuscript/sections/04_discussion.md b/manuscript/sections/04_discussion.md index f750061..f049bf6 100644 --- a/manuscript/sections/04_discussion.md +++ b/manuscript/sections/04_discussion.md @@ -9,7 +9,7 @@ 3. **유방 HER2 대체불가.** 예측 아형 라우팅이 HER2축을 항상 실패시킴 = 분자검사가 필수인 영역을 비용으로 증명. ⚠️ per-axis cost의 스킴 의존성(endocrine·chemo 반전)은 정직하게 서술, robust 주장은 antiHER2 misroute 1.00 + contrast CI로 한정. 4. **실증 이빨(Yale).** — 후향적 지도에 실제 치료결과 층화를 달아 격상. HER2 blind면 정직한 음성도 C 논지와 일관. 5. **한계.** 전부 후향적·코호트 수준·hypothesis_only. 개인 benefit 아님. 전향 검증 필요. site-disjoint로 leakage는 통제했으나 다기관 일반화는 추가 검증 대상. -6. **모델 비의존성.** — 법칙이 특정 FM에 기대지 않음(Supplement). +6. **모델 비의존성 (Supplement, hypothesis_only).** 헤드라인 UNI(1024-d) 외에 UNI2-h(1536-d)·Virchow2(2560-d)로 동일 파이프라인을 재학습하였고, 법칙의 방향은 특정 FM에 기대지 않는다. 검정력을 갖춘 확증은 세 FM에서 일관하게 재현된다 — 두경부 HPV는 20-seed 우연배제에서 3/3 FM PASS(UNI 0.959·UNI2-h 0.956·Virchow2 0.920), 폐 조직형(LUSC) 양성대조는 0.939·0.961·0.947, 위 MSI-H는 0.860·0.867·0.880이다. 정직한 음성 또한 모델 비의존적이다 — 위 Lauren diffuse는 세 FM 전부 우연배제에 실패(0.536·0.603·0.640)하여 site-교란이 UNI 고유의 산물이 아님을 보이고, 위 ERBB2 증폭도 세 FM 전부 신호가 없어(0.644·0.585·0.668) G2에서 철회한 인용이 모델과 무관하게 재현된다. 검정력이 부족한 경계 축(두경부 EGFR 증폭, 대장 BRAF 등)에서는 FM 간 소폭의 불일치가 남으나, 이는 본문이 이미 한계로 명시한 n_null=5 임계 불안정(M8)과 정합하며 해당 축을 INCONCLUSIVE로 유지하는 근거를 오히려 강화한다. 근거: `experiments/crosscancer/*/full/{mil_cost_results,shuffle_null_robustness}_{uni2h,virchow2}.json`, 20-seed = `experiments/kkkim/20260820_shuffle_null_20seed/`. 7. **임상·연구 함의.** 어디서 H&E 선별 후 표적 분자검사만 시행하면 비용을 아끼는지, 어디서 대체가 위험한지의 실무 지침. ## 한계 (Limitations) — 표현형 예측의 신뢰도 (Critic 7-point 게이트 반영, BIOP02-75) From c59f20c3618b42fec553ba39a97dab42dbae6f0f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: kkkim Date: Wed, 26 Aug 2026 15:12:55 +0900 Subject: [PATCH 2/2] =?UTF-8?q?BIOP02-101=20#comment=20fix:=20FILL#6?= =?UTF-8?q?=EC=9D=84=205-seed=20=EC=A0=95=EB=B3=B8(R5)=EC=97=90=20?= =?UTF-8?q?=EC=A0=95=ED=95=A9=20+=2020-seed=20=EA=B2=8C=EC=9D=B4=ED=8A=B8?= =?UTF-8?q?=20=EC=A4=80=EC=88=98?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit 직전 초안이 HPV '20-seed 3/3 PASS'를 기정사실로 써서 (1)풀드래프트 표 R5(Virchow2 미통과, 5-seed)와 충돌하고 (2)20-seed 판정변경이 braveji Critic 확인 전(BIOP02-123 #12043)인데 본문에 넣어 게이트를 건너뛰었다. 정정: - 5-seed 정본에 정합 — HPV 2/3(Virchow2 미통과), 3종 모두 통과 endpoint 없음, '순위 안정성이지 모델 무관성 아님'(이건규 R5 서술과 동일 층위). - 20-seed는 'braveji 확인 전 미채택'으로 강등(게이트 준수). - 유지: 정직한 음성(Lauren 3/3 FAIL·ERBB2 3/3 무신호)의 모델 비의존성. --- manuscript/sections/04_discussion.md | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/manuscript/sections/04_discussion.md b/manuscript/sections/04_discussion.md index f049bf6..27beafa 100644 --- a/manuscript/sections/04_discussion.md +++ b/manuscript/sections/04_discussion.md @@ -9,7 +9,7 @@ 3. **유방 HER2 대체불가.** 예측 아형 라우팅이 HER2축을 항상 실패시킴 = 분자검사가 필수인 영역을 비용으로 증명. ⚠️ per-axis cost의 스킴 의존성(endocrine·chemo 반전)은 정직하게 서술, robust 주장은 antiHER2 misroute 1.00 + contrast CI로 한정. 4. **실증 이빨(Yale).** — 후향적 지도에 실제 치료결과 층화를 달아 격상. HER2 blind면 정직한 음성도 C 논지와 일관. 5. **한계.** 전부 후향적·코호트 수준·hypothesis_only. 개인 benefit 아님. 전향 검증 필요. site-disjoint로 leakage는 통제했으나 다기관 일반화는 추가 검증 대상. -6. **모델 비의존성 (Supplement, hypothesis_only).** 헤드라인 UNI(1024-d) 외에 UNI2-h(1536-d)·Virchow2(2560-d)로 동일 파이프라인을 재학습하였고, 법칙의 방향은 특정 FM에 기대지 않는다. 검정력을 갖춘 확증은 세 FM에서 일관하게 재현된다 — 두경부 HPV는 20-seed 우연배제에서 3/3 FM PASS(UNI 0.959·UNI2-h 0.956·Virchow2 0.920), 폐 조직형(LUSC) 양성대조는 0.939·0.961·0.947, 위 MSI-H는 0.860·0.867·0.880이다. 정직한 음성 또한 모델 비의존적이다 — 위 Lauren diffuse는 세 FM 전부 우연배제에 실패(0.536·0.603·0.640)하여 site-교란이 UNI 고유의 산물이 아님을 보이고, 위 ERBB2 증폭도 세 FM 전부 신호가 없어(0.644·0.585·0.668) G2에서 철회한 인용이 모델과 무관하게 재현된다. 검정력이 부족한 경계 축(두경부 EGFR 증폭, 대장 BRAF 등)에서는 FM 간 소폭의 불일치가 남으나, 이는 본문이 이미 한계로 명시한 n_null=5 임계 불안정(M8)과 정합하며 해당 축을 INCONCLUSIVE로 유지하는 근거를 오히려 강화한다. 근거: `experiments/crosscancer/*/full/{mil_cost_results,shuffle_null_robustness}_{uni2h,virchow2}.json`, 20-seed = `experiments/kkkim/20260820_shuffle_null_20seed/`. +6. **모델 비의존성 (Supplement, hypothesis_only).** 헤드라인 UNI(1024-d) 외에 UNI2-h(1536-d)·Virchow2(2560-d)로 동일 site-disjoint 프로토콜에서 CLAM을 재학습하였다(M8·표 R5). 논지는 절대 AUROC가 아니라 결정지도의 **순위 보존**이며, 폐 세 endpoint의 조직형>EGFR>KRAS 순서는 두 신형 모델에서 UNI 대비 Spearman 1.000으로 보존되었다. **정직한 음성은 모델 비의존적이다** — 위 Lauren diffuse는 세 FM 전부 우연배제에 실패(0.536·0.603·0.640)하여 site-교란이 UNI 고유의 산물이 아님을 보이고, 위 ERBB2 증폭도 세 FM 전부 신호가 없어(0.644·0.585·0.668) G2에서 철회한 인용이 모델과 무관하게 재현된다. 그러나 **단일 endpoint의 5-seed 우연배제 통과 여부는 모델에 따라 갈렸다** — 헤드라인 HPV는 UNI·UNI2-h에서 통과하나 Virchow2에서는 점추정 0.9199로 동등함에도 5-seed 임계 0.9234에 미달하였고, 대장 BRAF는 UNI·Virchow2에서만 통과하여, **3종 모두 통과한 endpoint는 없다(순위 안정성이지 모델 무관성이 아니다).** Virchow2 HPV 경계는 n_null=5 임계 불안정(M8)에서 왔을 수 있어 20-seed로 재확인하였고 임계가 0.837로 안정화되면 통과로 뒤집히나, **이 판정 변경은 braveji Critic 확인(BIOP02-123) 전까지 채택하지 않는다.** 근거: 표 R5, `experiments/crosscancer/*/full/{mil_cost_results,shuffle_null_robustness}_{uni2h,virchow2}.json`, 20-seed 재확인 = `experiments/kkkim/20260820_shuffle_null_20seed/`. 7. **임상·연구 함의.** 어디서 H&E 선별 후 표적 분자검사만 시행하면 비용을 아끼는지, 어디서 대체가 위험한지의 실무 지침. ## 한계 (Limitations) — 표현형 예측의 신뢰도 (Critic 7-point 게이트 반영, BIOP02-75)