P5 ATAC→α 모형 계열 견고성 점검(P5c) — 비선형이 선형을 넘지 못함

[kakyungkim]

P5b(results/atac_alpha_expression_confound.md)에 남아 있던 리뷰어 반론 하나를 닫습니다.

왜 필요한가

P5b에서 baseline ATAC→α 는 raw held-out ρ=+0.309, 발현 통제 partial ρ=+0.112(n=472)로
발현 confound에 크게 잠식됐습니다. 여기에 "선형 모형이라 비선형 관계를 놓친 것 아닌가"
라는 반론이 가능합니다. 특징·분할 규약을 고정하고 모형 계열만 바꿔 확인했습니다.

방법

• 특징: atac_baseline_features.csv의 ATAC peak 6종(prom_acc, enh_acc, enh_sum, n_prom, n_enh, prom_enh_ratio)
• 표적: lag_model.csv의 fit_alpha
• 분할: Leave-One-Lineage-Out (계보 6개) — P5b와 동일 규약
• 발현 통제: coupling_per_gene.csv의 abundance에 대해 예측·실측을 각각 순위 회귀한 잔차끼리 상관
• 모형: RidgeCV / RandomForest(500, min_samples_leaf=5) / GradientBoosting(기본값)

재현 확인

선형 모형이 P5b 수치를 재현합니다. held-out ρ=+0.304(기록 +0.309),
partial ρ=+0.109(기록 +0.112), n=472(기록 472). 설정이 일치합니다.

결과

모형	held-out ρ	p	발현 통제 partial ρ
linear (RidgeCV)	+0.304	1.47e-11	+0.109
RandomForest	+0.178	1.02e-04	+0.013
GradientBoosting	+0.206	6.64e-06	+0.056

비선형 모형은 선형을 넘지 못하고 오히려 떨어집니다. 발현을 통제하면 격차가 더 벌어져
RandomForest의 partial은 +0.013으로 사실상 0입니다. n=472에 특징 6개인 조건에서 유연한
모형이 과적합해 일반화가 나빠지는 전형적 양상입니다.

따라서 반론은 닫힙니다. 발현 통제 후 신호가 약한 것은 모형 계열의 한계가 아니라 신호
자체의 성질이며, P5b 결론을 약화시키지 않고 보강합니다.

⚠️ 상태 = 탐색적

원고 반영 전 팀 검토가 필요합니다. 한계 세 가지를 문서에 명시했습니다.

• 계보 홀드아웃 한 규약만 확인했습니다. 유전자 무작위 분할은 보지 않았습니다.
• 하이퍼파라미터를 조정하지 않았습니다(기본값 + 최소 규제).
• 발현 통제는 순위 선형 잔차 방식이며, P5b가 쓴 통제 방식과 완전히 동일한지 대조하지 않았습니다.

기존 결과·수치는 건드리지 않았고 파일 2개만 추가합니다.

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