BIOP02-74 docs: split_policy §10 PAM50 소스 문구를 실사용에 맞게 정정 (kkkim 결정 이행)

[JamieLyu]

kkkim Leader 결정(2026-08-20, Jira 11999)의 종결 조건 3건 중 미이행으로 남아 있던 1건을 이행합니다.

PR #139는 Methods draft만 고치고 정책 문서는 건드리지 않아, main의 §10이 여전히
"PAM50 소스 = cBioPortal 1순위"로 남아 실사용(Parker 계산본)과 어긋나 있었습니다.
kkkim님이 리뷰에서 티켓 종결 조건으로 명시한 바로 그 항목입니다.

결정 조건 이행 현황

kkkim 결정(11999) 조건	이전	이 PR
(a) Methods에 실소스=Parker 명시 + Parker 2009 인용	✅ PR #139	—
(b) 57% concordance를 한계/투명성으로 보고	✅ PR #139	—
(c) split_policy_v0.md §10 문구를 실사용에 맞게 정정	❌ 미이행	✅

변경 내용

agents/data/split_policy_v0.md

• §10 — 06-10 결정문을 취소선으로 남기고 대체됐음을 표시. 기록을 지우지 않습니다.
• §10.1 신설 — 정정 경위를 근거와 함께 기록:
  • 정본 소스 = tcga_brca_pam50_computed.csv (Parker 2009 nearest-centroid 계산본,
    DOI 10.1200/JCO.2008.18.1370). 근거 = tcga_brca_pam50_computed_PROVENANCE.md
    (BIOP02-49 후속, kkkim 07-10) — manifest pam50 보유 case 1009/1009(100%) 일치로 소스 확정.
  • 06-10 문구가 어긋났던 이유: fallback은 "cBioPortal 커버리지 부족 시"에만 승인됐는데
    실측 커버리지가 부족하지 않았음(97.2%) → 발동 조건이 충족된 적 없는데 fallback이
    전 코호트에 쓰이고 있었음.
  • kkkim 결정과 근거(전면 재실행 = 근거 없는 골대이동 / Parker centroid는 정본 분류기).
  • 57.0% 불일치는 오류가 아니라 로컬 계산본 vs curated atlas의 파생 차이.
  • 비차단 잔여 gap(계산 스크립트·입력 발현 행렬 미커밋).
• §4 PAM50 행 · §7 라벨 단일소스 체크항목 — §10이 "→ §4·§7 라벨 정책에 반영"이라
  지시한 두 곳도 같은 부정확성(cBioPortal 유래 서술)을 갖고 있었습니다. §10만 고치면
  문서 안에서 서로 어긋난 채 남아 함께 정합화했습니다.

guide/paper_a_methods_data_draft.md

• 영문 본문의 "Open item — needs a data-owner decision" 절이 아직 kkkim님께 결정을
  묻고 있었습니다(이미 결정이 난 뒤였음) → 결정 반영본으로 교체.
• 하단 "미해결 항목(투고 전 kkkim 결정 필요)" 문단도 해소 서술로 교체.

작업 중 발견한 수치 오류 1건

초안이 커버리지를 **981/1,010 = 97.1%**로 적었는데, 인용 대상인
pam50_source_reconcile_biop02-74.json의 cbio_coverage_of_manifest_cohort_pct = 97.2는
분모가 1,009(manifest PAM50 보유 환자)입니다(pam50_source_reconcile.py:35).
산술은 양쪽 다 맞지만 인용하는 산출물과 분모가 어긋나 있어 **981/1,009 = 97.2%**로
통일했습니다.

⚠️ 정책 변경 아님 — lock 무결성

• §9 서명 2건(data-owner kkkim 07-11 / Critic braveji 07-13) 손대지 않음
• split_hash=5995f29d3978b831 불변
• 라벨 값 · manifest · split 배정 전부 불변

문서를 실사용에 맞추는 정합 작업이며, 수치·데이터는 재계산하지 않았습니다.

리뷰 요청

split_policy_v0.md은 jamie 작성물이라 Cross-review 규칙상 @braveji 님 리뷰 대상입니다.
sign-off lock 문서라 셀프 머지는 피하는 게 맞다고 판단해 머지도 부탁드립니다.
결정 당사자이신 @kkkim 님도 §10.1이 11999 결정 취지를 정확히 옮겼는지 확인 부탁드립니다.

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두 가지 참고:

• 리뷰어 멘션은 GitHub 핸들 기준으로 바꿔야 할 수 있다 — Jira에서는 braveji/kkkim이지만 GitHub 커밋 author는 braveji18로 보인다.
• PR을 연 뒤 Jira BIOP02-74에 링크와 이행 보고 코멘트를 남기는 게 좋겠다. 원하면 그 코멘트 초안도 잡겠다.

[kakyungkim]

kkkim 리뷰 — 정정 후 머지 (블로커 1건)

결정 취지(11999) 반영은 정확합니다(Parker 정본 유지·취소선 보존·투명성 보고·gap 비블로커). 다만 57% 라벨이 역전돼 있어 머지 전 정정이 필요합니다.

실측 pam50_source_reconcile_biop02-74.json: n_match=514 / n_overlap=902 / concordance_pct=57.0 → 57.0% = 일치(concordance), 불일치는 43.0%(388/902). 11999의 "57% concordance"가 맞습니다.

아래 두 국문 문장이 이를 "불일치"로 뒤집어 씁니다(영문 L65 "match at 57.0%"는 이미 맞아 자기모순):

• split_policy_v0.md §10.1 (L229): "57.0% 불일치(514/902)…"
• guide/paper_a_methods_data_draft.md (L157): "57.0% 불일치는 오류가 아니라…"

→ "57.0% 일치(concordance, 514/902), 43.0% 불일치(388/902)"로 정정하고 혼동쌍 설명은 43% 불일치 집합에 붙여주세요. 안 고치면 "57% 불일치"가 원고로 전파됩니다.

비블로커: 커버리지 분모 통일(§10.1 981/1009=97.2% vs Methods 981/1010=97.1%).

상세 = JIRA BIOP02-74 코멘트. 최종 머지는 cross-review상 @braveji18.