docs(BIOP02-115): Paper C Introduction 개정 + 인용 체계 도입 - #152
Merged
Conversation
주저자 제안 반영. 기존 첫 문단은 "예측된다"에서 바로 "그러나 대체는 아니다"로 넘어가 *왜 대체하려 하는가*를 말하지 않았다. IHC·조직파괴 분자검사의 비용·소요시간 부담과 H&E의 저렴함·상시성을 먼저 세워, 논문 제목의 치환비용 논지를 첫 문단에서 깐다. - CLAM은 분야 기원이 아니라 weakly-supervised WSI 확산 기점으로 기술 (CLAM 2021은 Coudray 2018·Kather 2019보다 뒤이고 본 논문의 사용 방법이다) - 인용은 [CITE-I1..I8] 빈칸 + 채울 목록 표. 문헌은 주저자가 직접 확정한다. 후보 slug는 research/REFERENCE_LIST.md 실재 항목만 기재, 지어낸 인용 없음 - 전립선·방광·뇌·IHC 비용·분자검사 임상역할 5자리는 저장소에 문헌 없음(확보 필요) - 미해결 2건을 문단 아래 주석으로 남김: 성숙한 분야 표현 삭제, 파운데이션 모델 누락 영문 정본(DRAFT_ML4H_v2_full.md)은 미반영 — 국문 확정 후 반영한다.
주저자 문헌 배정. 인용 본문은 [CITE-I1..I8] 빈칸 유지, 문헌은 주저자가 확정한다. - REFERENCE_LIST.md 에 7편 신규 등재 (phenotype-prediction 11→18편) - I2-I4 는 분야가 여러 장기에서 활발했다는 넓이 근거. 학회 초록도 이 용도로 유효 - I5 파운데이션 모델 문장 복원 — 본 연구가 UNI/Virchow2/UNI2-h 를 쓰고 R5 전체가 다중 FM 비교인데 인트로에 FM 언급이 없어 독자가 Methods 에서 처음 만나던 문제 - I6(IHC 비용·소요시간)·I7(분자검사 임상역할) 미확보. 이 문단 논지를 떠받치는 자리이고 수치 주장이 실리므로 정식 논문 필요 - lee-2023-receptor-status 는 본 연구 유방 앵커와 주제가 가장 가까움. Related work 선행연구 배치 여부 검토 대상으로 표기
- 첫 문장에 인용이 없던 문제 해소: nam-2020-digitalpath-intro (디지털 병리 확산) - 지식 증류를 FM 문장에 병기: kim-2023-rckd - REFERENCE_LIST.md 2편 추가 등재 (phenotype-prediction 18→20편) - 인용 표에 저자 중복 주석 추가 — 9자리 중 5자리가 동일 그룹 산출물
nam-2020·kim-2023-rckd 는 주저자가 저자가 아니므로 자기인용에서 제외.
I7 (분자검사 비용·소요시간):
erfani-2023-rwanda-ihc-cost Bull WHO 101(1):10-19 doi:10.2471/BLT.22.288800 PMID 36593782
→ IHC 바이오마커 분석 환자당 US$67.33 (진단비 $138.29의 48.7%)
sharma-2025-her2-tat J Pathol Inform 19:100515 doi:10.1016/j.jpi.2025.100515 PMID 41070375
→ HER2 IHC 평균 TAT 15.65일(관행) → 8.775일(디지털)
I8 (분자검사의 임상적 역할):
zhou-2024-tumor-biomarkers Signal Transduct Target Ther 9:132 doi:10.1038/s41392-024-01823-2 PMID 38763973
→ 조기선별·진단·예후·재발감시·표적치료 포괄 리뷰
REFERENCE_LIST.md 에 신설 섹션 §Intro — 임상 맥락(clinical-context, 3편) 등재.
세 편 모두 원문에서 서지사항·DOI·PMID 대조 확인. 추정 인용 없음.
두 편은 유방암/HER2 대상이라 본 연구 앵커와 직접 맞물린다.
본문은 [CITE-I1]-[CITE-I9] 표식 유지, 문단 뒤에 APA 서지 전문을 붙였다. 같은 문헌을 여러 번 인용하거나 다른 섹션에서 재사용할 때 표식만 쓰면 되도록 분리. 서지 대조: lu-2021-clam, ilse-2018-abmil, chen-2024-uni, coudray-2018, kather-2019, kather-2020, naik-2020, schmauch-2020 을 출판사/PMC 페이지에서 확인. erfani-2023, sharma-2025, zhou-2024 는 원문에서 DOI·PMID 까지 대조. 주저자 제공 9편은 제공된 서지 그대로 사용. 추정 기입 없음. 미완: Kather x2 / Naik / Schmauch 저자 전체 목록(et al. 상태), paik-2025 권호페이지, cho-2026-g2l AAAI 게재정보, cho-2026-prostate-br 게재처.
국문(DRAFT_ML4H_v2_full_ko.md)에서 확정한 첫 문단을 영문 정본에 반영. 표식 [CITE-I1]-[CITE-I9] 는 국/영문 동일하게 유지해 서지를 공유한다. 영국식 철자, 대시 미사용, 다음 문단(But being predictable does not mean...)으로 자연스럽게 이어지도록 작성.
파이프라인: codex 집필 -> agy(Antigravity) 적대검토 -> codex 반박 1회 -> Claude 정리. codex 초안이 I10-I20 마커 11개를 달았고, 그중 7개를 삭제했다. 사유는 전부 같다 — 우리 논문 자신의 주장/설계/결과/기여에 인용을 붙였다. - 논지 문장 "But being predictable does not mean..." 에 선행연구를 걸면 4문단 뒤 기여 주장(다른 질문의 정립)과 자기모순 - 염색정규화/conformal 문헌을 기여 목록에 붙인 것은 인용 채우기 - 사전등록 근거로 leakage/site-batch 문헌을 든 것은 논거 불일치 남긴 4개: I10(미확보·의사결정손실) I11(바이오마커 결정) I12(선행 유방) I13(약물감수성). 표기도 통일 — 기존 [Fernandez-Romero 2026]/[Dawood 2024] 를 [CITE-I12]/[CITE-I13] 로. 반박 라운드에서 codex 가 지시를 어기고 1문단을 새로 쓰고 기여를 4->3 으로 바꿨다. 판정 내용만 채택하고 산출물은 폐기했다. 1문단과 기여 4개는 원본 유지.
1문단 교체 스크립트의 전방 스캔이 뒤따르던 "그러나 예측된다는 것이 곧…" 문단까지 삼켜 국문 인트로가 5문단에서 4문단이 돼 있었다. origin/main 원본에서 복원했다. 동기화 내용: - 복원 문단에 [CITE-I10](임상 의사결정 손실)·[CITE-I11](바이오마커 결정) 마커 부착 논지 문장 자체는 무인용 유지 - 5문단 [Fernandez-Romero 2026]/[Dawood 2024] -> [CITE-I12]/[CITE-I13] 표기 통일 - 인용 목록에 I10-I13, 카운슬 판정 기록, 추가 확보 필요 3종 추가 검증: 국/영 마커 집합 일치(I1-I13), 인트로 본문 문단 수 5/5 일치.
논지의 핵심 근거(예측 성능만으로는 대체의 임상 수용 가능성이 서지 않는다)가
비어 있던 자리를 채웠다.
vickers-2016-netbenefit BMJ 352:i6 doi:10.1136/bmj.i6 PMID 26810254
→ 제목이 그대로 prediction models, molecular markers, and diagnostic tests 다.
우리 주장(분자검사 대체)과 대상이 정확히 일치한다.
vickers-2006-dca Med Decis Making 26(6):565-574 doi:10.1177/0272989X06295361
→ decision curve analysis 원전. 판별력/보정은 임상 가치를 직접 말하지 못한다는 논거.
vancalster-2025-perfmeasures Lancet Digit Health 7(12):100916
→ 예측 AI 모델 한정. 통계적 성능 측도는 실제 사용 여부를 정할 수 없다는 최신 가이던스.
REFERENCE_LIST §Intro 임상맥락 섹션 3편 → 6편.
검증 상태: vickers-2006 은 출판사 페이지에서 서지 확인. vickers-2016 은 출판사
403 이라 PubMed·Semantic Scholar·Google Scholar 메타데이터로 교차 확인.
vancalster-2025 는 저자 전체 목록 미확인(et al.) — 제출 전 보완 대상.
1문단 바로 뒤에 blockquote 로 끼어 있어 Introduction 을 읽는 흐름을 끊었다. 문서 끝에 ## 참고문헌(작업본) / ## References(working) 섹션을 신설하고 옮겼다. blockquote 를 풀어 일반 섹션으로 바꿨고, 섹션별(### Introduction)로 나눠 Methods·Results 인용을 이어 붙일 수 있게 했다. 본문은 [CITE-Ix] 표식만 남는다. 인트로 내 인용블록 0줄 확인.
... & Steyerberg, E. W. 로 마지막 저자 확인. et al. 축약 해제. Vickers 2016 은 주저자 제공본과 동일 — 다만 BMJ 아티클 번호 i6 는 유지한다 (Google Scholar 내보내기에는 빠져 있으나 실제 로케이터다).
주저자 제공분 반영. et al. 축약 4건 해제 (APA 7 생략부호 형식). Nature Communications 2편에 호수 (1) 보강. Introduction 인용 문헌 중 저자 미확인 0건.
주저자 사이트(geongyu.github.io)에서 확인. 앞서 Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence 로 적었던 것은 격을 부풀린 표기였다. 정정한다. 같이 반영: - cho-2026-prostate-br 은 현재도 arXiv 프리프린트 (최종 게재처 없음) 명시 - lee-2025-brca-recurrence 에 DOI 10.1038/s41598-025-16679-x 추가 - 보완 주석 갱신: 남은 미확정은 paik-2025 권·호·페이지 1건뿐 주: W3PHIAI 의 정식 명칭은 출처에 약어로만 표기돼 있어 풀어쓰지 않았다.
…irst) 확인 주저자 제공 서지가 권·호·페이지 없이 끝나는 것을 확인. 출판사가 아직 부여하지 않은 상태로 보고 그대로 둔다. 교정 단계 재확인 항목으로 남긴다. Introduction 인용 26편 전건 서지 확인 완료. 미확인 0건.
slug 표기만 있던 자리를 APA 로 옮겼다. I8/I9 와 중복되는 zhou-2024, naik-2020 은 동일 서지를 다시 적고 (= [CITE-I8]) 표시로 연결했다. 최종 조판 시 중복 제거한다.⚠️ tafavvoghi 연도 불일치: 저장소 slug 는 tafavvoghi-2024-jpi 이나 실제 게재는 2025 (J Pathol Inform 16, 100410). 게재본 기준으로 서지를 적고 REFERENCE_LIST 에 불일치를 표시했다. slug 자체는 참조가 흩어져 있어 바꾸지 않는다.⚠️ fernandez-romero-2026-domaingen 서지 여전히 미확정. 저장소에 요약형으로만 기록돼 있고, 프로젝트가 최근접 스쿱으로 지목한 논문이라 정확한 서지가 필요하다.
Med Biol Eng Comput 64, 2321-2331, doi:10.1007/s11517-026-03590-4. 주저자 제공본의 페이지 1-11 은 online-first 표기였고 최종 게재본으로 갱신했다. 이 논문은 프로젝트가 최근접 스쿱으로 지목한 문헌이며 내용상 본 연구와 직접 맞물린다 — TCGA-BRCA(n=1,079) 학습 + CPTAC-BRCA(n=120) 외부검증, FM 13종 x MIL 3종 평가, Virchow2 가 최고 성능이나 외부검증에서 심한 열화(HER2-enriched 및 HER2 양성 예측에서 특히). 우리 HER2 음성 앵커·다중 FM 비교(R5)와 겹치는 영역이라 Discussion 에서 정면으로 다룰 후보다. Introduction 참고문헌 34편 전건 서지 확정. 미확정 0건.
This file contains hidden or bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
Sign up for free
to join this conversation on GitHub.
Already have an account?
Sign in to comment
1 participant
Add this suggestion to a batch that can be applied as a single commit.This suggestion is invalid because no changes were made to the code.Suggestions cannot be applied while the pull request is closed.Suggestions cannot be applied while viewing a subset of changes.Only one suggestion per line can be applied in a batch.Add this suggestion to a batch that can be applied as a single commit.Applying suggestions on deleted lines is not supported.You must change the existing code in this line in order to create a valid suggestion.Outdated suggestions cannot be applied.This suggestion has been applied or marked resolved.Suggestions cannot be applied from pending reviews.Suggestions cannot be applied on multi-line comments.Suggestions cannot be applied while the pull request is queued to merge.Suggestion cannot be applied right now. Please check back later.
무엇
ML4H v2 원고의 Introduction 을 개정하고, 인용 체계를 도입했다. 섹션 단위 검토의 첫 순서다 (BIOP02-115 #12069).
대상: `manuscript/DRAFT_ML4H_v2_full.md` (영문 정본) · `_ko.md` (국문 인계본) · `research/REFERENCE_LIST.md`
1. 1문단 개정 — 치환비용의 전제를 앞으로
기존 첫 문단은 "예측된다" 에서 곧장 "그러나 대체는 아니다" 로 넘어가 왜 대체하려 하는가를 말하지 않았다. 논문 제목이 치환비용인데 그 비용의 전제가 첫 문단에 없었다.
대체 대상(IHC·조직파괴 분자검사)이 비싸고 느리면서 동시에 임상적으로 중요하다는 비대칭을 앞에 세웠다.
2. 인용 체계 — 본문은 표식, 서지는 문서 끝
3. 집필 절차 — 카운슬 4단계
주저자 국문 제안 → codex(GPT) 영문 집필 → agy(Antigravity) 적대검토 → codex 반박 1회 → 정리.
모든 단계에서 모델이 저자·연도·제목을 쓰는 것을 금지하고 표식만 쓰게 했다. 실제 문헌은 사람이 확정했다.
검토에서 초안 마커 11개 중 7개를 삭제했다. 사유가 전부 같다 — 우리 논문 자신의 주장·설계·결과·기여에 인용을 붙인 것이었다.
Introduction ¶2–¶5 에 인용이 4개뿐인 것은 그 문단들이 대부분 우리 프레임 설명이기 때문이다. 인용 밀도는 Methods(현재 0개)·Results(현재 2개)에서 확보한다.
4.⚠️ 검토 요청 — Fernandez-Romero 2026
서지 확정 중 확인한 것으로, 이 논문과 우리 연구의 중복이 인용 한 줄로 넘길 수준이 아니다.
```
TCGA-BRCA (n=1,079) 학습 → CPTAC-BRCA (n=120) 외부검증
FM 13종 x MIL 3종, PAM50 아형 + IHC 바이오마커 예측
결과: Virchow2 최고 성능이나 외부검증에서 심한 열화
특히 HER2-enriched 아형 · HER2 양성 예측
```
우리는 HER2 를 음성 앵커로 세우고(0.599), R5 다중 FM 비교에서 Virchow2 가 HPV 우연배제를 통과하지 못했다고 보고한다. 같은 코호트·같은 모델·같은 축에서 같은 방향의 결과다.
심사자가 "이미 보고된 것 아니냐"고 물을 수 있는 한편, 그쪽은 성능 열화를 우리는 그 열화가 치료 배정에서 만드는 손실을 잰다는 점에서 독립 연구의 수렴으로 읽힐 수도 있다. Discussion 에서 정면으로 다룰 후보다. Leader·Critic 판단 요청.
5. 병합 순서
PR #151(0.397 정정)과 파일이 겹치지만 줄이 겹치지 않는다 — 이 브랜치의 diff 에 0.378/0.397 변경 0건. 순서 무관하게 각각 머지 가능하고, 둘 다 들어가야 원고가 정합된다.
남은 것
관련: BIOP02-115 · PR #151 · PR #143
cc @kakyungkim @braveji18