Fernandez-Romero 2026 전문 기반 재분석 + BIOP02 대조표 - #155
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7/17 분석은 Springer paywall 때문에 초록만 보고 작성됐고 paper-info.yaml에 "표-단위 정확 AUC는 Springer paywall로 미확보"로 적혀 있었다. 오늘 Europe PMC(PMC13269319, CC-BY)에서 전문을 확보해 수치와 방법을 실제로 채웠다. 핵심 확정 사항 - 내부 검증 = patient-stratified MCCV 10 random splits (80/10/10). 환자 단위 층화만 하고 기관은 통제하지 않는다. 전문에 tissue source site·submitter· batch·scanner 전부 0회. - 외부검증은 TCGA 전체로 재학습(85/15) 후 CPTAC 테스트. - AUROC를 보고하지 않는다(macro-F1·PR-AUC만) — 우리 수치와 직접 비교 불가. - Virchow v2 PAM50 macro-F1 0.542→0.358, HER2 PR-AUC 0.399→0.219. HER2-enriched RPD=1.000(3개 MIL 전부). - RPD ~ Δn + d: R²=0.800, adj 0.750. TCGA는 flash-frozen만, FFPE 제외. 신규 _comparison-with-biop02.md: 우리 5개 엔드포인트 실측과 대조. 판별력은 보존되는데 라우팅·보정 층이 붕괴하는 해리를 정리했다. 분할 설계가 낙폭 차이의 원인이라는 것은 가설로만 적었다(지표·FM·포함 기준도 다름). sources/: BP01 하네스 규약을 이식해 추출 텍스트·URL·bib만 커밋하고 출판사 PDF와 원본 XML은 gitignore했다. 이 저장소는 public이다.
Supplementary PDF(1.8MB)를 확보해 "원문 미확인"으로 남겨 둔 항목을 실측값으로 채웠다. pdftotext -layout 로 Table S1~S9 전부 추출했고, RPD·Δn·Δp·d 를 산술 검산으로 행 정렬을 검증했다(각 33/33·33/33·11/11·11/11 일치). S4+S5 에서 계산한 클래스별 3-MIL 평균이 본문 Table 2 와 11/11 일치해 사슬이 맞물린다. 주요 확정 - HER2-enriched RPD=1.000 은 반올림이 아니라 CLAM·DSMIL·TransMIL 셋 다 CPTAC F1 이 정확히 0.000. 내부는 0.598/0.538/0.912 로 제각각이다. - 염색 정규화는 33건 중 13건이 오히려 악화(TransMIL ER −0.165 최대 악화, CLAM Luminal B +0.186 최대 개선). 기준 슬라이드는 없고 SlideFlow v3 preset 모집단 평균(TCGA 450장)이 목표다. - 유병률 Δp: ER-음성 0.160→0.380, Basal-like 0.170→0.302, HER2-양성 0.207→0.108. - 코사인 거리 d 의 클래스 간 분산은 사실상 DSMIL(0.125~0.365)이 만든다. - 병리 일치도 κ 6항목 전부 moderate(0.41) 미달. ★ 전제 오류 2건 정정 - Δn 은 유병률 차이가 아니라 Macenko 정규화 이득이다. 유병률은 Δp 이고 R²=0.800 모형에 Δp 는 들어 있지 않다(단변량 R²=0.029, q=0.615 비유의). 80% 를 설명하는 둘은 염색 변이(Δn)와 특징공간 발산(d)이다. - 13 FM × 3 MIL 클래스별 격자는 논문에 없다. 클래스 단위 값은 Virchow v2 하나 위에서만 계산됐고 Table S1 은 12 FM 만 싣는다. 우리 Macenko 수치의 평가집합을 실측으로 확정했다. 산출 파일이 experiments/kkkim/20260819_stain_norm_robustness/ 에 있고 세 파일 모두 ext_auc 가 null 이라 내부 홀드아웃이다. 그들 Δn 은 외부(CPTAC) 값이므로 두 값을 같은 줄에서 크기 비교하면 안 된다는 단서를 달았다. [Gap:Assumption] 0건. _comparison-with-biop02.md 에 3-5절(R²=0.800 요인 목록에 기관 변수 부재를 S1~S9 전수로 확정)과 3-6절(염색 정규화 대조, 우열 비교 없이 지표·평가집합· 집계단위 차이 명시)을 신설했다.
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왜
7/17 분석은 Springer paywall 때문에 초록만 보고 작성됐고
paper-info.yaml에 "표-단위 정확 AUC는 Springer paywall로 미확보(정성 인용만)"로 적혀 있었습니다. 그 E2 판정이 CPTAC 결과를 원고에서 빼는 근거가 됐습니다(BIOP02-70·PR #154 참조).오늘 Europe PMC(PMC13269319, CC-BY) 에서 전문을 확보해 수치와 방법을 실제로 채웠습니다.
확정된 것
tissue source site·submitter·batch·scanner전부 0회.RPD ~ Δn + d: R²=0.800, adj 0.750, F=16.03, q=0.005.그들이 하지 않은 것: 기관 통제 분할, 사전등록(0회), 치료 라우팅·의사결정(0회), 비용·효용(0회), 확률 보정·기권(0회), 다암종(0회), 다중 외부 코호트, FFPE.
신규
_comparison-with-biop02.md우리 5개 엔드포인트 실측과 정면 대조했습니다. 핵심은 상반이 아니라 상보라는 점입니다. 그들의 PAM50 macro-F1은 0.542→0.358로 무너지는데 우리 AUROC는 0.7589→0.7216으로 버티고, 우리 쪽은 라우팅·보정 층이 CPTAC에서 붕괴합니다. 즉 외부에서 무너지는 것은 판별력이 아니라 보정과 결정이며, 이것이 cost-of-substitution 프레임의 근거입니다.
분할 설계가 낙폭 차이의 원인이라는 것은 가설로만 적었습니다. 지표·FM·포함 기준이 모두 달라 원인을 단정할 수 없습니다.
sources 처리
BP01 하네스 규약(
analysis/**/sources/*.pdfgitignore)을 BP02로 이식했습니다. 이 저장소는 PUBLIC이라 출판사 PDF는 올리지 않고 추출 텍스트·DOI URL·PMC URL·bib만 커밋했습니다. 트리 내 PDF 0건 확인했습니다.미확보
Supplementary PDF가 없어 Table S1–S9는 "원문 미확인"으로 표기했습니다. Figure 1도 수치를 읽지 못했습니다.