BIOP01-83 블로그 7·8편 정정 + 블로그 정본을 저장소로 이전

.gitignore

@@ -123,8 +123,13 @@ pipeline/hspc-velocity-benchmark/cross_dataset/BMMC_FAILED
 
 # 블로그 정리 초안(구글드라이브/JIRA용, 로컬 md 유지) — 2026-07-04
 blog_HSPC_velocity_lag.md
-# blog/ 폴더 전체(canonical=/workspace/blog + 구글드라이브, 생성물 00_*_blog_all.md·심링크 build_index.py 포함) — 로컬 유지
-blog/
+# blog/ — 2026-09-02 정본 이전. 서버 /workspace/blog 가 GPU 반납으로 사라져
+# 정정본이 로컬 백업 한 곳에만 남는 상태가 됐다(BIOP01-83). 블로그는 이미
+# Confluence 로 공개된 글이므로 이 저장소를 정본으로 삼아 이력·게이트를 붙인다.
+# 생성물과 낡은 내부 공지만 제외한다.
+blog/site/
+blog/SHARE_안내.txt
+blog/**/build_index.py
 
 # 세션 잡동사니(백업·jupyter collab db·인증 qr) — 커밋 대상 아님
 .jupyter_ystore.db

blog/README.md

@@ -0,0 +1,50 @@
+# BIOP01 연구 블로그 — 정본
+
+HSPC velocity-lag 벤치마크 연구(크로마틴에서 전사로 가는 시간차와 전사 속도)를 비전공자도 읽을 수 있게 산문으로 정리한 글이다. 영문과 국문을 한 파일에 함께 둔다.
+
+## 이 폴더가 정본이다 (2026-09-02 이전)
+
+원래 정본은 협업 서버 `/workspace/blog/BIOP01/`이었고 이 저장소는 `blog/` 전체를 `.gitignore`로 제외했다. GPU 서버를 반납하면서 그 경로가 사라졌고, 정정본이 개인 백업 한 곳에만 남는 상태가 됐다. 그래서 이 저장소로 정본을 옮겼다. 경위는 JIRA BIOP01-83에 있다.
+
+블로그는 이미 Confluence로 공개된 글이므로 저장소에 두어도 새로 노출되는 것이 없다. 오히려 이력과 검수 게이트가 함께 붙는다.
+
+## 파일
+
+| 파일 | 내용 |
+|---|---|
+| `01_lag-vs-alpha.md` | 크로마틴이 전사를 미리 준비시킬까 |
+| `02_five-checks.md` | 재현되지 않는 결과를 스스로 검증하기 |
+| `03_cross-dataset-replication.md` | 조직과 종을 바꿔 본 재현 |
+| `04_reproducible-harness.md` | 분석을 하네스로 옮기기 |
+| `05_novelty-positioning.md` | 선행연구와 논문의 자리매김 |
+| `06_self-adversarial-hardening.md` | 우리 결과를 스스로 공격한 세 가지 분석 |
+| `07_curvature-predicts-trust.md` | 헤드라인이 될 뻔한 발견을 스스로 되돌린 이야기 |
+| `08_no-rule-for-direction.md` | 크로마틴 방향 규칙을 찾다가 세 번 실패한 이야기 |
+| `00_all.md` | 위 여덟 편을 순서대로 결합한 합본. **파생물이므로 개별 편을 고친 뒤 다시 만든다** |
+| `glossary.md` | 용어집 |
+
+## 게시 경로
+
+Confluence VC 스페이스가 공개본이다. 인덱스는 page 49545229이고 여덟 편이 그 자식 페이지로 붙어 있다.
+
+정정이 생기면 본문 전체를 갈아 끼우지 않고 **상단에 정정 배너를 붙인다**. 서식 손상 위험이 적고 오독 위험은 즉시 닫힌다. 배너 원문은 `docs/confluence_banners/blog0N_banner.html`에 두고, 적용은 아래로 한다.
+
+```
+source ~/.atlassian_env
+python3 scripts/confluence_prepend_banner.py <pageId> docs/confluence_banners/blog0N_banner.html \
+    --marker "정정 안내 (YYYY-MM-DD 게시본 갱신)" --dry
+```
+
+마커 텍스트가 이미 본문에 있으면 중복 삽입을 거부한다. 날짜가 다른 배너를 새로 붙일 때는 `--marker`로 그 배너의 문구를 넘긴다.
+
+## 규율
+
+- **수치와 주장은 연구 결과 원본에서만 가져온다.** 정본은 `pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/FINDINGS.md`와 `manuscript/draft_v2.md`이며, 블로그는 그 산문 판이다.
+- **원고에서 철회하거나 강등한 주장은 블로그에도 반영한다.** 2026년 8월에 이 동기화가 한 번 누락돼 철회된 주장이 공개본에 남아 있었다(BIOP01-83). 원고를 고치면 블로그도 같은 세션에서 본다.
+- **영문과 국문을 함께 고친다.** 한쪽만 고치면 같은 페이지 안에서 서술이 어긋난다. 실제로 8편에서 한국어 표의 두 행이 빠져 기전 설명이 영문과 반대로 적힌 적이 있다.
+- `00_all.md`를 직접 고치지 않는다. 개별 편을 고치고 다시 만든다.
+
+## 아직 남은 것
+
+- `site/` 브라우저판이 서버와 함께 사라졌다. 필요하면 md에서 다시 만든다.
+- 04편 본문이 개념도 위치를 `/workspace/skills/harness-concept/`로 가리키는데, 그 경로도 서버와 함께 없어졌다. 대체 위치를 정한 뒤 문구를 고쳐야 한다.

blog/glossary.md

@@ -0,0 +1,33 @@
+# BIOP01 블로그 용어집 — 한 용어 = 한 표현
+
+> `/blog` 스킬의 초심자 재작성이 따르는 프로젝트 용어집(규율은 `~/.claude/assets/blog/beginner-natural-writing.md` 3절).
+> 시리즈 전편에서 **같은 전문용어는 같은 초심자 표현**으로 옮긴다. 새 글·재작성은 이 표를 기준으로 삼는다.
+> 2026-07 BIOP01 14편 재작성에서 확정.
+
+| 원어/전문용어 | 초심자용 표현 | 비유(선택) |
+|---|---|---|
+| 분화 (differentiation) | 세포가 한 종류에서 다른 종류로 바뀌는 것 | |
+| 크로마틴 접근성 / ATAC / 크로마틴 열림 | (유전자 주변) DNA가 열림 / 열려 있음 | 서가의 자물쇠를 푸는 일 |
+| 전사 (transcription) / 유전자 발현 | 유전자가 켜져서 (RNA·단백질을) 찍어 냄 | 책을 펴서 읽는 일 |
+| lag | 시간차(lag) — DNA가 열리고 나서 유전자가 켜지기까지 걸리는 시간. 첫 등장만 병기, 이후 "시간차" | |
+| 전사율 α | 전사 속도(α) — 유전자가 켜졌을 때 얼마나 빠르게 찍어 내는지. 이후 "전사 속도" | |
+| method (velocity method) | 계산 프로그램 / 방법 (이름은 유지: "MultiVelo라는 프로그램") | |
+| robust / method-robust | 방법(프로그램)을 바꿔도 흔들리지 않는 / 튼튼한 | |
+| cross-method | 프로그램(방법)을 바꿔 견줄 때 | |
+| concordance / 일치도 / correlation ρ | (프로그램끼리) 답이 맞는 정도 = 일치도 (숫자 ρ는 그대로 표기) | |
+| pseudotime | 분화가 얼마나 진행됐는지의 순서(실제 시계 시간 아님) — 첫 등장 시 한 번 풀이 | |
+| 재현 (replication) | 다른 데이터에서도 같은 무늬가 나오는지 확인하는 일 ("가까운/먼 재현" = 조직·종의 거리) | |
+| gate / preflight | 관문 (무거운 작업 전 값싼 확인으로 될지 안 될지 먼저 가르기) | |
+| 음성 대조군 (negative control) / scrambled | DNA와 유전자의 연결을 일부러 끊어(뒤섞어) 결과가 무너지는지 보는 시험 | |
+| permutation FDR / 다중검정 | 유전자가 수천 개라 우연히 맞아 보일 수 있어, 라벨을 마구 섞은 "가짜 데이터"와 견줘 우연을 걷어내는 통계 | |
+| 동전 던지기 수준 | 방향이 우연 수준(~50/50)이라 의미 없음 | |
+| bootstrap | 같은 세포를 복원추출로 다시 뽑아 값이 얼마나 흔들리는지 보는 안정성 시험 | |
+| 후성유전 약물 (HDAC/DNMT/EZH2 억제제) | DNA 서열 자체가 아니라 그 열림/닫힘 상태를 건드리는 약 | |
+| confound / 교란변수 (cell cycle 등) | 진짜 원인이 아닌데 결과에 끼어드는 딴 요인 (예: 세포 분열 주기) | |
+
+## 보존 주의 (이 프로젝트의 hedge — 절대 격상 금지)
+
+- "시간차(lag)는 **계산 프로그램을 바꾸면** 재현되지 않는다(cross-method 비robust)" ≠ "시간차가 무의미하다" ≠ "MultiVelo가 틀렸다".
+- 단일 파이프라인 *안에서는* 시간차에 신호가 있다(bootstrap 안정성 등)를 지우지 않는다.
+- 유전자 유형 **M1/M2**(kinetic class)는 계산 프로그램(method)이 아니다 — "프로그램"으로 옮기지 말 것.
+- robust(방법 바꿔도 안 흔들림) ≠ 유용을 한 문장에 섞지 않는다. 상관을 인과로 올리지 않는다.

docs/confluence_banners/blog07_banner.html

@@ -0,0 +1,14 @@
+<ac:structured-macro ac:name="warning"><ac:rich-text-body>
+<p><strong>정정 안내 (2026-09-02 게시본 갱신)</strong></p>
+<p>이 글은 2026년 7월에 쓰였고, 그 뒤 원고에서 <strong>주장 하나가 철회</strong>되었습니다. 아래 본문에는 아직 옛 서술이 남아 있으므로 이 안내를 먼저 읽어 주십시오. 지적해 주신 분은 박세진 님이고, 추적은 JIRA BIOP01-83입니다.</p>
+<p><strong>철회 &mdash; "크로마틴이 전사 속도 &alpha;를 조절하는 유전자 지도"</strong></p>
+<p>본문 "이게 따로 논문이 될 수 있을까" 절에 이 표현이 나오는데, <strong>크로마틴에 공을 돌린 부분이 철회되었습니다.</strong> 처리 전 크로마틴이 &alpha;를 예측한다던 초기 결과(학습에 쓰지 않은 계통에서 &rho;=+0.309)는 <strong>발현량 교란</strong>으로 판명되었습니다. 발현량만으로 맞추면 &rho;=+0.724가 나오고, 거기에 크로마틴을 더해도 성능은 &minus;0.016만큼 오히려 줄며, 발현량을 통제하면 크로마틴 몫은 &rho;=+0.112만 남습니다. 사람 뇌 데이터에서는 +0.212에서 +0.013으로 아예 사라졌습니다. 원고는 이 표현을 지우고 <strong>"기저 상태에서 &alpha;로"(baseline-to-&alpha;)</strong>로 바꾸었습니다.</p>
+<p><strong>함께 정정된 것</strong></p>
+<ul>
+<li><strong>별도 논문이 무산된 이유</strong> &mdash; 본문은 원인을 시간 눈금 불일치 하나로만 적었습니다. 그보다 먼저 <strong>크로마틴에서 &alpha;로 가는 링크 자체가 발현량 교란으로 무너진 것</strong>이 더 근본적인 이유였고, 그 사실이 빠져 있었습니다. 자기비판을 다루는 글에서 철회 사실이 오히려 가려진 모양이 되었습니다.</li>
+<li><strong>&alpha;를 헤드라인으로 세울 때의 단서</strong> &mdash; "&alpha;는 재현되고 외부 검증도 되는 유일한 값"이라는 문장에 기준선이 빠져 있었습니다. &alpha;가 실측 합성 속도와 맞는 정도(&rho;=+0.262)는 <strong>그냥 발현량으로 맞춘 것(&rho;=+0.410)보다 오히려 낮습니다.</strong> 그래서 결론은 "&alpha;를 믿어라"가 아니라 "발현량 기준선과 견주어 &alpha;를 믿어라"이며, 지금까지의 근거로는 &alpha;가 발현량 이상의 정보를 준다고 말할 수 없습니다.</li>
+<li><strong>외부 검증이 한 소스에 걸려 있다는 점</strong> &mdash; 본문이 "TT-seq 등"이라 적어 복수 소스가 받치는 인상을 주는데, 실제로는 <strong>Todorovski 한 소스</strong>입니다. 두 번째 소스(Schwalb)에서는 세 방법 모두 무신호였고, 두 실측 소스끼리도 &rho;&asymp;0.15 정도로만 맞습니다. 잣대 자체의 재현성이 상한입니다.</li>
+<li><strong>표지 유전자 방향 일치의 크기</strong> &mdash; "이름난 유전자에서 방향이 얼추 맞는다"는 서술에 크기가 없었습니다. 그 "얼추"는 동전 던지기보다 54.6%(유전자 560개, p=0.031) 정도로만 앞서고, 크기로는 대부분 |&rho;|&le;0.08입니다. 통계로는 잡히지만 실질적으로는 무시할 만한 일치입니다.</li>
+</ul>
+<p><strong>정본은 저장소 원본입니다.</strong> 이 페이지 본문 전체 교체는 순차 진행 중이며, 그 전까지 정본은 개별 편 원본 <code>07_curvature-predicts-trust.md</code>입니다. 전체 합본(<code>00_all.md</code>)도 2026-09-02에 정정본으로 다시 만들었습니다.</p>
+</ac:rich-text-body></ac:structured-macro>

docs/confluence_banners/blog08_banner.html

@@ -0,0 +1,16 @@
+<ac:structured-macro ac:name="warning"><ac:rich-text-body>
+<p><strong>정정 안내 (2026-09-02 게시본 갱신)</strong></p>
+<p>이 글은 2026년 7월에 쓰였고, 그 뒤 <strong>한국어판에서 기전 설명이 잘못된 것</strong>과 <strong>근거가 과하게 적힌 대목</strong>이 발견되었습니다. 아래 본문에는 아직 옛 서술이 남아 있으므로 이 안내를 먼저 읽어 주십시오. 지적해 주신 분은 박세진 님이고, 추적은 JIRA BIOP01-83입니다.</p>
+<p><strong>정정 &mdash; 한국어판 뚜렷함 표에서 두 줄이 빠져 설명이 뒤집혀 있었습니다</strong></p>
+<p>같은 페이지 영문판 표에는 네 줄이 있는데 한국어판 표에는 <strong>&alpha;와 &gamma; 두 줄만</strong> 있었습니다. 그 결과 한국어 본문이 크로마틴 여는 속도 &alpha;_c를 "평평하다, 흐릿하다"라고 서술했는데, <strong>사실과 반대이며 같은 페이지 영문 수치와도 모순됩니다.</strong> 정확한 표는 아래와 같습니다.</p>
+<p><code>&alpha; 전사 속도 +7.98 (가장 뚜렷) / &alpha;_c 크로마틴 여는 속도 +7.32 / &beta; 처리 속도 +4.86 / &gamma; 분해 속도 +1.72 (가장 흐릿)</code></p>
+<p>&alpha;_c는 흐릿한 값이 아닙니다. <strong>한 번의 맞춤 안에서는 뚜렷하게 정해지지만(+7.32), 프로그램을 바꾸면 순위 상관이 &rho;=0.29밖에 안 됩니다.</strong> 프로그램마다 또렷하지만 서로 다른 값에 안착하는 것입니다. 시간차는 그렇게 정해진 전환 시점들의 차이이고, 한쪽은 데이터가 느슨하게 두고 다른 쪽은 프로그램에 따라 흔들리니 그 차이에는 잡음만 남습니다. 영문판 서술이 정본에 맞고, 한국어판을 그쪽에 맞추었습니다.</p>
+<p><strong>함께 정정된 것</strong></p>
+<ul>
+<li><strong>표지 유전자 근거를 뒤에서 되살린 대목</strong> &mdash; 본문이 "원 방법들이 예시로 보인 그림은 우리 데이터에서도 성립한다"고 단정했습니다. 같은 글 다른 절에서 marker-shuffle 음성(Mann&ndash;Whitney p=0.58)을 정확히 적어 놓고, 여기서는 단서 없이 썼습니다. <strong>상관 수준에서 재현될 뿐이고, 이 표지 집합은 무작위 집합과 구별되지 않았습니다.</strong> 그래서 이 일치를 방향의 정답으로 쓸 수 없습니다. 시도 1의 "알려진 골수 분화 생물학과도 맞는다"도 "어긋나지는 않는다"로 낮췄습니다.</li>
+<li><strong>선점 주장</strong> &mdash; "그 수준에서 신뢰성이 검정된 적은 없었다"는 무제한 현재완료였습니다. <strong>그 수준의 식별성 문제는 ConsensusVelo가 먼저 제기했고, 우리 결과는 그 지적을 multiome 세팅에서 확인하는 쪽입니다.</strong> 원 방법들이 나오던 당시에 견줘 볼 독립 프로그램이 없었다는 것은 그대로 유효합니다.</li>
+<li><strong>54.6%의 유의성 표기</strong> &mdash; 표에 비율만 있고 검정 결과가 없었습니다. 이항검정으로는 우연을 넘어서지만(유전자 560개, p=0.031), 초과분 4.6퍼센트포인트는 실용적으로 무시할 만합니다. 통계적으로 잡힌다고 해서 실행 규칙이 되지는 않는다는 이 글의 결론과 같은 이야기입니다.</li>
+</ul>
+<p><strong>잘 된 점도 함께 적어 둡니다.</strong> 이 글은 앞 편들이 범한 잘못을 대부분 피했습니다. "유전자 598개 중 0개 일치"를 아예 쓰지 않았고, 원조 MultiVelo를 부호 검정에서 제외한 근거와 marker-shuffle 음성을 자기 결과의 제약으로 명시했습니다.</p>
+<p><strong>정본은 저장소 원본입니다.</strong> 이 페이지 본문 전체 교체는 순차 진행 중이며, 그 전까지 정본은 개별 편 원본 <code>08_no-rule-for-direction.md</code>입니다. 전체 합본(<code>00_all.md</code>)도 2026-09-02에 정정본으로 다시 만들었습니다.</p>
+</ac:rich-text-body></ac:structured-macro>

scripts/confluence_prepend_banner.py

@@ -27,7 +27,11 @@ def req(method, path, body=None):
     data = json.dumps(body).encode() if body else None
     r = urllib.request.Request(url, data=data, method=method)
     import base64
-    tok = base64.b64encode(f"{os.environ['ATLASSIAN_EMAIL']}:{os.environ['ATLASSIAN_API_TOKEN']}".encode()).decode()
+    # 토큰 변수명이 환경마다 갈린다(ATLASSIAN_API_TOKEN / ATLASSIAN_TOKEN). 둘 다 받는다.
+    _tok_raw = os.environ.get("ATLASSIAN_API_TOKEN") or os.environ.get("ATLASSIAN_TOKEN")
+    if not _tok_raw:
+        sys.exit("ATLASSIAN_API_TOKEN 또는 ATLASSIAN_TOKEN 이 필요합니다. `source ~/.atlassian_env` 확인.")
+    tok = base64.b64encode(f"{os.environ['ATLASSIAN_EMAIL']}:{_tok_raw}".encode()).decode()
     r.add_header("Authorization", "Basic " + tok)
     r.add_header("Content-Type", "application/json")
     r.add_header("User-Agent", "kkkim-cli")
@@ -44,6 +48,11 @@ def req(method, path, body=None):
 banner = open(sys.argv[2], encoding="utf-8").read().strip()
 dry = "--dry" in sys.argv
 
+# 배너를 여러 차례(다른 날짜로) 붙일 수 있으므로 마커를 인자로 덮어쓸 수 있게 한다.
+# 지정하지 않으면 기존 2026-08-14 마커를 그대로 쓴다(하위호환).
+if "--marker" in sys.argv:
+    MARKER = sys.argv[sys.argv.index("--marker") + 1]
+
 cur = req("GET", f"/wiki/rest/api/content/{pid}?expand=body.storage,version,space")
 body = cur["body"]["storage"]["value"]
 ver = cur["version"]["number"]