NMtree

Application R/Shiny de pilotage de NONMEM pour la modélisation pharmacocinétique de population (popPK), de bout en bout : générer un control stream, visualiser les données, lancer une estimation, inspecter les GOF et les résultats, produire des rapports, et enchaîner les analyses (sensibilité, bootstrap, jackknife, VPC, comparaison de runs, M3/BQL).

Conçue pour être autonome et sans dépendance fragile : pas de PsN, pas de xpose ; packages CRAN uniquement (base R + ggplot2, tidyverse pour certains scripts d'analyse).

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Prérequis

• R ≥ 4.1 (testé sous 4.3).
• NONMEM installé, avec son lanceur nmfe*.bat — nécessaire pour lancer des runs et les analyses. Le générateur de control stream fonctionne sans.
• Windows pour le mode complet (exécution NONMEM, sélecteurs de fichiers natifs).
• Packages R :

install.packages(c("shiny", "DT", "ggplot2", "dplyr", "readr", "purrr", "tibble"))

Au démarrage, l'application vérifie ces packages et affiche un message clair avec la commande d'installation si l'un manque.

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Installation

1. Récupérez les fichiers de l'application.
2. Respectez impérativement cette disposition :

<dossier de votre choix>/
├── app.R          ← à la racine
└── R/             ← TOUS les autres fichiers .R

Shiny source automatiquement le contenu de R/ au démarrage. Ne déplacez pas app.R dans R/, et ne sortez pas les autres fichiers de R/.

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Lancement

Depuis RStudio : ouvrez app.R puis cliquez Run App.

Depuis la console R :

shiny::runApp("chemin/vers/le/dossier/de/l/app")

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Premiers pas

1. Ouvrez l'onglet Étude & runs (le premier, en évidence).
2. Renseignez :
   • le répertoire de l'étude (où seront stockés runs et sorties) ;
   • le lanceur NONMEM (nmfe*.bat) — pour exécuter des runs. Sous Windows, les boutons Parcourir… ouvrent un sélecteur natif au premier plan.
3. Passez au Générateur pour construire un control stream, puis à Lancer, Résultats, Analyses, etc.

Le lanceur NONMEM est mémorisé pour la machine (~/.nmtree/config.rds) ; la base de runs est propre à chaque étude (dossier .nmtree/ de l'étude).

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Les onglets en bref

Onglet	À quoi il sert
Étude & runs	Chemins de l'étude et de NONMEM ; matrice des hypothèses (base de runs).
Générateur	Construction du control stream (ADVAN/TRANS, voie, absorption, erreur, M3, TMDD…).
Données	Spaghetti plots, visualisation BQL, contrôle qualité.
Lancer	Exécution NONMEM non bloquante, avec suivi.
Éditer	Édition d'un .ctl et création d'un run enfant.
Résultats	Paramètres (RSE/IC/shrinkage), GOF, corrélations, ETA ; rapports HTML et PDF.
Covariables	Paramètres individuels (EBE), régressions, effets, Wasserstein.
Analyses	Sensibilité, bootstrap, jackknife, VPC, comparaison de runs, M3/BQL.

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Structure du projet

• app.R — point d'entrée (onglets, état partagé).
• R/aa_dependencies.R — vérification des packages au démarrage.
• R/nmtree_core.R, R/nmtree_generator.R, R/nmtree_run.R — moteur.
• R/mod_*.R — un module par onglet.
• R/nm_*.R — scripts d'analyse (VPC, bootstrap, jackknife, profiling, M3…).

Pour le détail des rôles et un guide « où modifier quoi », voir NMtree_architecture.md.

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Notes & limites

• Le mode complet (exécution NONMEM, sélecteurs natifs) suppose Windows. Sur un autre OS, l'interface reste utilisable pour le générateur ; la navigation de fichiers native n'est pas disponible (saisie du chemin au clavier).
• Les chemins de données/.ctl sont résolus de façon robuste si l'étude est déplacée ou ouverte depuis une autre racine de synchronisation (Dropbox…).
• Rapports produits nativement (aucun pandoc/LaTeX requis).

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Documentation

• NMtree_architecture.md — architecture détaillée, rôle de chaque script, mécanismes internes et guide de maintenance.

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Licence

Open-source. MIT

DOI

DOI: 10.5281/zenodo.22258717